В 1939 - 1940 годах, как нарком внешней торговли, Микоян вел переговоры по немецкими экономическими делегациями и следил за аккуратным выполнением заключенных соглашений. Хотя сроки поставок немецкого оборудования срывались уже в 1940 году, поезда с продовольствием и сырьем шли из СССР в Германию едва ли не до 21 июня 1941 года.
Война решительно изменила положение и обязанности Микояна.
Еще перед войной, когда под контролем Микояна находились торговля, снабжение, производство товаров легкой и пищевой индустрии, он заявлял: "Мы можем сказать, что когда Красной Армии потребуются во время войны продукты питания, то она получит вдоволь сгущенное молоко, кофе и какао, мясные и куриные консервы, конфеты, варенье и еще многое другое, чем богата наша страна".
Конечно, снабжение Красной Армии в годы войны было не столь уж обильным, но в основном удовлетворительным. Сразу же после начала войны Микоян возглавил Комитет продовольственно-вещевого снабжения Красной Армии. В 1942 году Анастас Иванович был включен в Государственный Комитет Обороны (ГКО) - высший орган власти в стране на период войны. Заслуги Микояна в снабжении армии были столь бесспорны, что еще в 1943 году, в разгар войны, ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда. Вскоре после начала войны Микоян был включен в Совет по эвакуации, во главе которого был поставлен Н. М, Шверник. Этому Совету пришлось провести громадную работу по эвакуации в восточные и южные районы многих миллионов рабочих и служащих и тысяч промышленных предприятий. К началу 1943 года общее число эвакуированных составило около 25 миллионов человек. Когда Красная Армия, добившись перелома в войне, стала продвигаться на запад, Микоян вошел в Государственный комитет по восстановлению хозяйства освобожденных районов.
Мы должны здесь отметить, однако, не только заслуги Микояна в годы войны. Как член ГКО и Политбюро, Микоян должен нести ответственность за все решения, принятые или одобренные этими высшими партийными и государственными инстанциями. Речь идет, в частности, о выселении целых народностей с их национальной территории на Восток - в так называемые спецпоселения. В самом начале войны такая участь постигла немцев Поволжья, да и всех граждан СССР немецкой национальности. Затем были депортированы многие народности Северного Кавказа и татары из Крыма. В каждом случае вопрос о ликвидации той или иной национальной автономии и выселении целого народа Сталин выносил на утверждение Политбюро ЦК ВКП(б) и ГКО СССР. Справедливости ради надо отметить, что и в данном случае позиция Микояна, пусть и очень незначительно, но отличалась от позиции других членов советского руководства.
Еще в 1951 году в журнале "Социалистический вестник", который издавался группой меньшевиков-эмигрантов и считался одним из органов Социалистического интернационала, было опубликовано свидетельство некоего полковника Токаева, осетина по национальности, перебежавшего якобы на Запад в конце войны или сразу же после ее окончания. Он сообщил, что решение о ликвидации Чечено-Ингушской АССР было принято после обсуждения на совместном заседании.Политбюро и ГКО II февраля 1943 года. На заседании прозвучало два мнения. Молотов, Жданов, Вознесенский и Андреев предложили ликвидировать Чечено - Ингушскую АССР и немедленно выселить всех чеченцев и ингушей с Северного Кавказа. Ворошилов, Каганович, Хрущев, Калинин и Берия предложили повременить с выселением до полного освобождения Северного Кавказа от немецкой оккупации. К этому мнению присоединился и Сталин. Лишь один Микоян, соглашаясь в принципе, что чеченцы и ингуши должны быть выселены, высказал опасение, что депортация повредит репутации СССР за границей.
