Молодой Микоян командовал боевой дружиной большевиков, он участвовал в подавлении восстания мусаватистов азербайджанской националистической партии, которая вошла в союз с турецкими войсками, наступавшими на город. Затем Анастаса Ивановича послали на фронт как комиссара бригады. Оборонять Баку было трудно. Начиналась гражданская война. Восстания казаков на Дону и Северном Кавказе, чехословацкий мятеж, наступление Добровольче ской армии Деникина отрезали Бакинскую коммуну от России. Часть Средней Азии (Закаспийская область) была оккупирована англичанами, гражданская власть здесь оказалась в руках правых эсеров. Лишь морем через Астрахань бакинские большевики могли получать кое-какую помощь из Советской России. В этой ситуации эсеры и меньшевики предложили пригласить в Баку английские войска. Еще шла первая мировая война, в которой Англия и Турция воева ли друг с другом. Большевики были против. Однако бурное голосование Бакинского Совета не принесло успеха большевикам. 258 голосов против 236 было подано за приглашение английских войск и создание коалиционного правительства из всех советских партий. Часть народных комиссаров предлагала сохранить Совнарком и провести перевыборы Совета, Но Шаумян не пошел на это. Большевики передали власть новому правительству, и скоро в Баку вошли немногочисленные английские отряды. Узнав о перевороте, Микоян поспешил в город. Но здесь его ждало еще одно горькое известие - большинство активных деятелей Бакинской коммуны было арестовано. Впрочем, и новая власть - так называемая диктатура Центрокаспия - продержалась в Баку лишь до середины сентября. Англичане не сумели приостановить турецкое наступление. Началась поспешная эвакуация. В день вторжения турецких войск в Баку Микоян сумел освободить Степана Шаумяна и других большевиков из тюрьмы. С помощью командира небольшого отряда Т. Амирова все они успели занять место на пароходе "Туркмен", переполненном беженцами и солдатами. Корабль отплыл в Астрахань. Однако ни группа дашнакских и английских офицеров, ни многие из солдат не хотели плыть в советскую Астрахань. Они сумели взбунтовать команду корабля и увести его в Красноводск, оккупированный англичанами. Эсеровские власти в этом городе арестовали всех большевиков. Портретов бакинских комиссаров тогда еще не было, документов тоже. Руководствуясь списком на тюремное довольствие, который нашли у Корганова, исполнявшего роль старосты в Бакинской тюрьме, эсеры отделили двадцать пять человек во главе со Степаном Шаумяном. Сюда же включили командира партизан Т. Амирова. Так образовалась знаменитая цифра "26". Все они были увезены из Красноводска якобы для суда в Ашхабад. Но вагон с арестованными rfe дошел до Ашхабада. В ночь на 20 сентября 1918 года на 207-м километре Красноводской железной дороги все двадцать шесть арестованных были расстреляны. Здесь были и коммунисты и левые эсеры, народные комиссары и личные телохранители Шаумяна. Один из погибших оказался беспартийным мелким служащим. Но все они вошли в историю как "26 бакинских комиссаров". Микояна не было ни в списках на довольствие, ни в списках арестованных, опубликованных бакинскими газетами. Остались в живых и видные деятели Бакинской коммуны С. Канделаки и Э. Гигоян. Ни в Баку, ни в Красноводской тюрьме долго никто не знал о гибели 26 бакинских комиссаров. Турки скоро покинули Азербайджан. Война закончилась победой Антанты. Мусаватистское правительство вступило в сговор с англичанами. Рабочие Баку объявили забастовку, требуя возвращения Степана Шаумяна и его товарищей. Но в Баку вернулись в феврале 1919 года только Микоян, Канделаки и еще несколько большевиков. Лишь через полтора года, уже после восстановления Советской власти в Баку, были перевезены и торжественно захоронены на одной из центральных площадей города останки расстрелянных бакинских комиссаров.