Вместо Маленкова Председателем Совмина СССР был назначен Н. А. Булганин.
Может быть, Маленков и удовлетворился бы своей более скромной ролью, но политика дальнейшего развенчания культа личности Сталина и более глубокого и основательного расследования его преступлений, которую проводил Хрущев, пугала Маленкова. Он высказывался против постановки этих проблем на XX съезде партии, но не смог помешать Хрущеву прочесть свой знаменитый доклад. Сам Маленков, выступая на съезде, сказал всего лишь несколько фраз о вредности "культа личности", что это извращение неизбежно ведет к принижению роли партии и ее руководящего центра, к подавлению творческой активности партийных масс... к безапелляционности единоличных решений, произволу. Основную же часть своей речи Маленков посвятил проблемам электрификации СССР.
Освобождение и реабилитация миллионов заключенных неизбежно ставили вопрос об ответственности Маленкова, так же как и других приближенных Сталина, за репрессии и гибель ни в чем не повинных людей, среди которых было немало выдающихся деятелей партии и государства, Правда, в 1956 году были реабилитированы далеко не все незаконно репрессированные люди. Уже в 1957 году Хрущев настоял на реабилитации большой группы военных деятелей во главе с Тухачевским и Якиром, арест и расстрел которых
был санкционирован в 1937 году Политбюро (сам Хрущев в это время еще не входил в Политбюро). Было начато расследование, берущее под сомнение законность и обоснованность приговоров по таким фальсифицированным политическим процессам 30-х годов, как процессы Зиновьева - Каменева, Радека - Пятакова, Бухарина - Рыкова, в результате которых были приговорены к расстрелу десятки виднейших соратников Ленина, деятелей Октябрьской революции и гражданской войны. Все это переполнило чашу терпения у большинства членов Президиума ЦК. Их объединил страх ответственности, Организаторами фракционной группы были Молотов и Каганович, но к ним сразу же присоединился и Маленков. Be поражение было концом политической и государственной карьеры Маленкова. Он был исключен из Президиума ЦК и из ЦК КПСС и снят с ответственной работы в Совете Министров СССР.
Маленкова назначили директором Усть-Каменогорской ГЭС, построенной в верхнем течении Иртыша. Вскоре его перевели директором Экибастузской ГРЭС. Так же как и Каганович, Маленков был весьма либеральным директором, и ему однажды обком партии объявил выговор "за панибратство с рабочими". В 1961 году после XXII съезда КПСС он был исключен из партии и отправлен на пенсию. На съезде много говорили о преступлениях Маленкова, о его близости к Ежову и Берия, о том, что Маленков нередко сам присутствовал при допросах и пытках заключенных. Он мог считать, что еще слишком легко отделался.
После XXII съезда КПСС Маленкову и Кагановичу все еще не позволяли вернуться в Москву. Каганович получил такое разрешение только в 1965 году, после прихода к власти Брежнева, а Маленков в 1968-м.