Видимо, Сталина вполне удовлетворяла деятельность Суслова. В 1947 году его перевели на работу в Москву, а на Пленуме ЦК избрали секретарем партии. В Секретариат в этот период входили Жданов, Кузнецов, Маленков, Г. М. Попов и сам Сталин. Суслов пользовался полным доверием Сталина. В январе 1948 года именно Суслову было поручено от имени ЦК сделать доклад на торжественно траурном заседании по случаю 24-й годовщины со дня смерти Ленина, В 1949 - 1950 годах Суслов становится еще и главным редактором газеты "Правда". Его избирают членом
Президиума Верховного Совета СССР. В 1949 году Суслов участвует в Совещании Информационного бюро коммунистических партий в Будапеште, где выступает с докладом, основным тезисом которого было осуждение Югославской компартии. Еще в 1947 году Суслов сменил Г. Ф. Александрова на посту заведующего отделом агитации и пропаганды ЦК. Суслов участвовал в кампании против "безродных космополитов". Возглавлял комиссию, которая расследовала деятельность заведующего отделом науки Юрия Жданова (сына А. А. Жданова), выступившего в 1948 году против Лысенко. Однако в целом роль Суслова как идеолога в 1947 - 1953 годах была невелика, ибо главным "идеологом" и "теоретиком" партии оставался сам Сталин.
Через несколько лет, выступая на XX съезде КПСС, Суслов говорил о ненормальном положении, сложившемся в области идеологии в годы культа Сталина.
"Не подлежит сомнению, - заявлял Суслов, - что распространению догматизма и начетничества сильно способствовал культ личности. Поклонники культа личности приписывали развитие марксистской теории только отдельным личностям и целиком полагались на них. Все же остальные смертные должны якобы лишь усваивать и популяризировать то, что создают эти отдельные личности. Таким образом, игнорировались роль коллективной мысли нашей партии и роль братских партий в развитии революционной теории, роль коллективного опыта народных масс".
Однако нетрудно убедиться, что Суслов как идеологический руководитель партии был воспитан и сложился именно в сталинский период и печать догматизма, боязнь самостоятельности и оригинальности сохранились у него на всю жизнь. Главным стремлением Суслова с первых же его шагов на поприще идеологии было не допустить какой-либо идеологической ошибки, то есть не вступить в противоречие с текущими политическими установками директивных инстанций. Он хорошо знал, что посредственность и серость идеологических выступлений никем не преследуется, тогда как одна лишь "идеологическая ошибка" может привести к концу всей политической карьеры.
На XIX съезде партии Суслова Сталин включил в состав расширенного Президиума ЦК КПСС. Суслов вошел в ближайшее окружение Сталина, что было признаком доверия, но таило и немалые опасности. В декабре 1952 года чем-то недовольный Сталин резко заметил Суслову: "Если вы не хотите работать, то можете уйти со своего поста". Суслов ответил, что будет работать везде, где найдет это нужным партия. "Посмотрим", - с оттенком угрозы сказал Сталин. Этот конфликт не получил развития. Суслов находился в составе Президиума ЦК всего несколько месяцев. Сразу после смерти Сталина Президиум был уменьшен, и Суслов уже в него не входил. Но он остался и после смерти Сталина одним из Секретарей ЦК КПСС.