Война пришла на Ставрополье в 1942 году. Развивая летнее наступление, немецкие войска захватили Ростов-на-Дону и стали быстро продвигаться по территории Северного Кавказа. Отступление было настолько быстрым и беспорядочным, что в некоторых районах края части Красной Армии уходили на восток за несколько дней до появления немецких дивизий. Остановить немецкое наступление удалось только близ города Орджоникидзе, недалеко от Грозного. Немецкая оккупация продолжалась, однако, менее года. В этот период основной задачей обкома партии была организация партизанского движения. Суслов возглавил Ставропольский краевой штаб партизанских отрядов, а во время боевых действий входил и в Военный Совет Северной группы войск Закавказского фронта.
Во время войны и оккупации небольшая часть проживавших в Ставрополье карачаевцев поддержала гитлеровскую Администрацию. В городе Микоян-Шахаре был создан Карачаевский национальный комитет. Но большинство карачаевцев не признавало этот "комитет", а помогало партизанам. Тем не менее вскоре после освобождения края в ноябре 1943 года 70 тысяч карачаевцев были поголовно выселены из родных мест и в эшелонах отправлены на "спецпоселение" в Среднюю Азию и Казахстан. Карачаевская автономная область была ликвидирована. Разумеется, решение о выселении мусульманских народностей с Северного Кавказа и из Поволжья было принято в Москве Государственным комитетом обороны. Однако верно и то, что Ставропольский обком партии полностью поддержал это решение и помог провести его в жизнь.
В период активных боевых действий на Северном Кавказе Суслову как члену военного совета подчинялся и полковник Л. И. Брежнев, который был тогда начальником Политотдела 18-й армии и который, в частности, помогал Суслову налаживать гражданскую и хозяйственную жизнь на Северном Кавказе. Но это было лишь мимолетное знакомство, так как 18-я армия после взятия Новороссийска ушла на запад. Спустя десять лет после боев на Северном Кавказе Брежнев уже в звании генерал-лейтенанта стал заместителем начальника Главного Политуправления Советской Армии и Военно-Морского Флота, и в этот период он тоже должен был выполнять директивы Суслова, уже секретаря ЦК КПСС.
К осени 1944 года большая часть Литвы была освобождена от немецкой оккупации. Партийную организацию республики возглавил старый подпольщик, еще в 1926 году избранный секретарем ЦК КПЛ А. Ю. Снечкус. Но Сталин не доверял бывшим подпольщикам. К тому же коммунисты не пользовались в Литве значительным влиянием, и большая часть католического литовского населения выступала против "советизации" Литвы. Было решено поэтому сформировать не только ЦК Литовской компартии, но и специальное Бюро ЦК ВКП(б) по Литовской ССР, с чрезвычайными полномочиями. Председателем Бюро был назначен Суслов.
Как известно, после ухода немцев в Литве началось упорное сопротивление новой власти, переросшее в длительную и жестокую партизанскую войну. В сущности, это была настоящая гражданская война, в которой часть литовского населения поддержала Красную Армию, а другая часть выступила против нее с оружием в руках. Состав партизанских отрядов "лесных братьев" был пестрым. Здесь находились и люди, сотрудничавшие с оккупантами, и богатые
крестьяне, и дети литовской буржуазии. Но оказалось немало и простых литовцев, выступавших за независимость своей республики. Борьба была очень трудной и кровопролитной. В итоге значительную часть населения республики депортировали в Сибирь. Из городов выселили представителей буржуазии и других "чуждых" классов, членов бывшей литовской администрации, лидеров национальных партий, а из сельской местности крестьян, обвиненных в оказании помощи "лесным братьям". Военные действия длились два года, пока партизанское движение в республике не было полностью ликвидировано. Эта борьба, сопровождавшаяся с обеих сторон жестокостью и массовым насилием, оставила значительный след в сознании литовского народа.
Суслов был послан в Литву Сталиным и наделен чрезвычайными полномочиями. Его влияние распространялось и на другие республики Прибалтики. Не следует поэтому удивляться, что Суслов оставил о себе и в Литве, и в Прибалтике недобрую память.
Выехав в Литву почти как на фронт, Суслов не взял с собой семью, которая оставалась жить в более спокойном Ставрополье. После гибели молодого и талантливого генерала И. Д, Черняховского, командовавшего одним из Прибалтийских фронтов, Суслов взял под опеку его вдову, но вскоре увлекся этой красивой молодой женщиной. Жена Суслова написала из Ставрополья жалобу Сталину. Совершенно равнодушный к многочисленным фактам супружеской неверности своих соратников и, видимо, глубоко презиравший женщин, Сталин, однако, не поощрял разводов. Суслову было сделано строгое внушение, и его семья восстановлена.
